GEO生信数据挖掘（十一）STRING数据库PPI卵白互作网络 & Cytoscape个性化绘
GEO生信数据挖掘（十）肺结核数据-差异分析-WGCNA分析（900行代码整明白释更新版本）通过 前面十篇文章的学习，我们应该已经可以获取到一个”心仪的基因列表“了，相较于原始基因数量，这个列表的数量已经有了明显的缩小，为了进一步确定Hub gene 必要借助两个工具。
使用STRING在线数据库举行PPI分析。
使用Cytoscape本地客户端举行卵白互作关系图绘制。
视频讲解
STRING在线数据库举行PPI分析
https://cn.string-db.org/
STRING在线数据库（STRING: functional protein association networks：https://cn.string-db.org/）
准备好自己感兴趣的gene list 整个这列复制一下，STRING也支持导入文件。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/3908214fd0d98b0148029fad5a1febe5.png
STRING 操作第一步界面
看图有操作说明
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/8a104d6d4f1aafa45d563fa5f8d3cccb.png
也可以选择自动（auto-select），数量多的话，点击SEARCH后，第二步也会提示，选择物种。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/d58cceb70019e30e83539f47d1284394.png
第二步的界面
可以看看基因，没问题，点击CONTINUE
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/e1e10926d458d277f6389e55df7c59fa.png
第三步界面 出现效果
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/dacc3535d6bddf8328e02891561ad80c.png
一样平常会用到 Settings 和Exports
Setting设置看图，调解完毕后，点击UPDATE更新效果。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/f89f7e2f23f56684111eea565a68d75f.png
效果导出
用Cytoscape自己调解图 导出TSV数据文件
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/4e30a5737172d4bad3ed2dd4a294e3c9.png
使用Cytoscape本地客户端举行卵白互作关系图绘制
TSV文件已经从STRING数据库中下载保存完毕。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/85693faf27337655a85846dae2f664fd.png
安装Cytoscape 必要设置java环境
不同版本对应的java版本有要去（本文使用Cytoscape3.10，jdk-17_windows-x64_bin，总计369M的压缩包，链接: https://pan.baidu.com/s/19gjKs9w6TM2ylXxupA5ykw?pwd=4p7y 提取码: 4p7y 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦）
假如以为百度盘慢，评论区留下邮箱，私发。
打开Cytoscape的界面
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/6900017be4f540a697168fd43e53ff5a.png
导入文件
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/22639124a720c8be5ea369fca06d1b84.png
设置列
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/1ad5acdbf0bb59e2a0a6e326bf230313.png
初步图形天生
先删除孤立节点（可以共同Ctrl 键举行操作）
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/31dcff37f8e89a272a83bc73bc678843.png
首先举行数据网络分析
选中数据，Tool，analyze Network，
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/bb5cd737df04c29c3ba2d53e09c983a5.png
可以再次观察，下方的数据区域（Node Table），增加许多信息，我们最关心的是degree列，degree数据列值越大，那么说明，对应基因越重要，有更多的基因连接到了目标基因。
基因样式设置
style -> shape -> 圆形
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/33d94c9c5adfa29441e6b23ef099916f.png
设置圆形的样式，并勾选，锁定节点的长宽
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/9ba13e3c71b2f58c7adfc16e19cf6600.png
节点的大小设置
让节点的大小和degree 关联起来。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/0820d79dd3c163d1b1d71d53742bbfbd.png
观察TP53基因，大小明显改变，且是最大的。
节点的形状太小，把size 的下限提高。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/78e927929175de9ff5576bd36b64d901.png
节点的颜色设置
让节点的颜色和degree 关联起来。
设置Fill Color
degre越大则颜色越深，反之，则越浅。（设置方法，同理）
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/2021509c9f70b6fa79185bc3ca6599a5.png
基因选择
可以鼠标选择图中的节点，共同快捷键
还可以在Node Table 列表中举行选择基因名称，然后右击鼠标，功能菜单中选择图中的节点。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/eec0b87f43e669f77fd4ca2b83d24449.png
基因节点的排列样式
现在，节点已经设置完毕，边可以根据必要继承设置，方法类似。
现在图形的样式排布比力随意，可以将节点按照环形，或者方形举行排列。
Layout ->Grid layout
可以选择部分节点，也可以直接对所有节点举行操作。
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设置环形布局
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/27b2f9b32eb2e70e2921b266244cb35f.png
复杂的环形布局排列
上面形状有了，但是由于本例中节点的数量的太多，还可以继承美化。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/fe136d93e4d4758b37db473aa3485d0b.png
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/54d03f0645d2f45aa0f877126805eab9.png
选择degree前10个基因先绘制一个圆形，再绘制其他基因。可以迭代多个圆形。
选择了三组degree 分段后的基因，天生了三个圆形，下面举行排列
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/af3dd109585489dc76a298f16c1c8faf.png
使用 Layout Tool 举行图形排列
打开layout Tool
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/5010327ff5659aadc4195a6f1bae265e.png
调解scale 放大缩小，可以调解圆环的距离。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/149b36e2107c3074f098d5c817fb7d25.png
假如缩小至最测了,仍旧必要缩小，可以点击重置比例。比例又会回到1。
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/d2585a0a12985be67613a2aae83845e9.png
最终调解完毕
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/9c4638abc2d86f7ed53bd08bed49aa9b.png
导出文件
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/1fffed2a64e71631cfddd9d8f8183ca5.png
https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/609b7f221703ed7d576e3815ad46424f.png
可以导出session项目文件，后续可以继承编辑，可以导出图片，再论文中使用。
视频讲解
以上绘图共做就完成了，SCI 指日可待。
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