如安在服务器中利用docker搭建Rstudio分析环境

如安在服务器中利用docker搭建Rstudio分析环境

   起首确保docker已经安装成功而且成功运行

1. # docker命令在root权限下运行，本教程以centos 9为例
2. # 查看docker详细信息
3. docker info

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  成功安装则会表现如图的具体docker信息

1. # 查看docker是否运行
2. systemctl status docker

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  一、利用dockerhub已有镜像举行摆设

1、docker拉取镜像

在docker中查找所需的docker镜像rstudio：此处以 rocker/rstudio:latest为例

1. docker pull rocker/rstudio:latest

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2、利用下载好的镜像创建容器

1. docker run -itd -p 8888:8787 -d --restart always --name test -v /home/test/rstudio/:/home/test rocker/rstudio:latest
2. # 注：使用拉取到服务器中的镜像在test用户rstudio文件夹下挂载
3. # 1、尽量不要使用8787端口，改用其他端口，如8888是我自己设置的映射端口
4. # 2、-d --restart always设置自动启动容器，否则服务器重启或docker服务重启之后，该容器还处于stop状态
5. # 3、若忘记设置restart always可使用：docker update --restart=always test进行更新

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3、在创建好的容器中创建用户

1. #  进入test容器内部
2. docker exec -it test bash
4. # 创建用户：即Rstudio-server登录界面的用户,此处1001为test用户的用户组号，具体根据自己的子用户进行更改
5. adduser -u  1001 test
6. # 输入密码，重复输入两次即可
8. # 更改该容器中root密码，设置密码即可在Rstudio的终端中运行su命令进入root权限
9. passwd

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4、更改用户rstudio文件夹权限

1. # 由于docker创建的容器是在root权限下进行的，因此该文件夹权限属于root，需要将其权限改为test所属
2. chown -R test.test /home/test/rstudio

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5、Rstudio-Server登录

1. # 查看服务器ip
2. hostname -i
3. #使用服务器ip+端口号在浏览器中即可登录,输入上述创建的账号密码
4. ip:8888

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至此，用户test即可利用Finalshell软件连接服务器在rstudio文件夹下举行文件上传和下载，需注意：由于linux安装R包所需的依靠导致R包安装不上，在Rstudio的终端中su进入root根据相应的R包依靠库举行安装，随后在安装R包即可安装成功
二、自定义Dockerfile举行摆设–保举

   由于不同用户对R包的需求不一，因此保举利用Dockerfile自定义安装所需的R包，摆设好的Rstudio-server将自带这些R包，不再必要手动安装

  此处仍以上述的空缺R包的Rstudio-server为例
1、Dockerfile文件DIY

1. vim  Dockerfile
2. # 根据R包的需要进行自定义Dockerfile文件，以下内容复制到Dockerfile文件中
3. # 由于R包很多，因此花费时间较长约3小时，不同用户可以自定义所需的R包
5. FROM rocker/rstudio:latest
7. ARG bioc_ver=3.19
9. RUN apt-get clean all && \
10.     apt-get update && \
11.     apt-get upgrade -y && \
12.     apt-get install -y \
13.         libhdf5-dev \
14.         libssl-dev \
15.         libxml2-dev \
16.         libpng-dev \
17.         libxt-dev \
18.         zlib1g-dev \
19.         libbz2-dev \
20.         liblzma-dev \
21.         libglpk40 \
22.         libgit2-dev \
23.         libbz2-dev \
24.         libfontconfig1-dev \
25.         libharfbuzz-dev \
26.         libhdf5-dev \
27.         patch \
28.         libharfbuzz-dev \
29.         libfribidi-dev \
30.         libfreetype6-dev \
31.         libpng-dev \
32.         libtiff5-dev \
33.         libjpeg-dev \
34.         jags \
35.         libgmp3-dev \
36.         libmpfr-dev \
37.         libv8-dev \
38.         libcairo2-dev \
39.         libmagick++-dev \
40.         cmake \
41.         libgdal-dev \
42.         libssl-dev \
43.         libssh2-1-dev \
44.         libxml2-dev \
45.     && apt-get clean all && \
46.     apt-get purge && \
47.     rm -rf /var/lib/apt/lists/* /tmp/* /var/tmp/*
50. RUN Rscript -e "install.packages(c('rmarkdown', 'tidyverse', 'workflowr', 'BiocManager', 'pacman', 'devtools', 'hdf5r', 'ggiraphExtra', 'magick','alphahull', 'dbscan'), ask = F, update = F, dependencies = T);"
51. RUN Rscript -e "BiocManager::install(version = '${bioc_ver}')"
52. RUN Rscript -e "library(pacman);pacman::p_load(ggplot2, dplyr, data.table, magrittr, patchwork, RColorBrewer, clustree, cowplot,harmony, ggrepel, GSVA, clusterProfiler, survminer, ggpubr, stringr, rio, pheatmap, survival,sctransform, tibble,futile.logger, ggrisk, ggstatsplot, timeROC, maftools, edgeR, DESeq2, FactoMineR, factoextra, org.Hs.eg.db, stringi,cowplot, ggsci, VennDiagram, ggplotify, GEOquery, TCGAbiolinks, SummarizedExperiment, scCustomize, xml2, rvest, raster, rmarkdown, rticles, openai, update = F)"
53. RUN Rscript -e "BiocManager::install(c(‘seurat’，'GSEABase', 'GEOquery', 'limma', 'impute', 'hgu133plus2.db', 'infercnv', 'SingleR', 'tidydr','simplifyEnrichment', 'biomaRt', 'EnsDb.Hsapiens.v86', 'Rhtslib', 'Rsamtools', 'GenomicAlignments','rtracklayer', 'GenomicFeatures', 'ensembldb', 'paletteer', 'ggdendro', 'monocle', 'BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats','S4Vectors','SingleCellExperiment','batchelor', 'kstreet13/slingshot'), ask = F, update = F, dependencies = T)"

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2、创建docker镜像

1. docker build -t test_image/rstudio:r.4.4.1 .
2. #.表示Dockerfile在当前目录下

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3、利用自定义的docker镜像创建容器

1. docker run -itd -p 8888:8787 -d --restart always --name test -v /home/test/rstudio/:/home/test test_image/rstudio:r.4.4.1
2. # 后续操作同前文一样，创建用户，更改rstudio文件夹权限

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4、在创建好的容器中创建用户

1. #  进入test容器内部
2. docker exec -it test bash
4. # 创建用户：即Rstudio-server登录界面的用户,此处1001为test用户的用户组号，具体根据自己的子用户进行更改
5. adduser -u  1001 test
6. # 输入密码，重复输入两次即可
8. # 更改该容器中root密码，设置密码即可在Rstudio的终端中运行su命令进入root权限
9. passwd

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5、更改用户rstudio文件夹权限

1. # 由于docker创建的容器是在root权限下进行的，因此该文件夹权限属于root，需要将其权限改为test所属
2. chown -R test.test /home/test/rstudio

复制代码

6、Rstudio-Server登录

1. # 查看服务器ip
2. hostname -i
3. #使用服务器ip+端口号在浏览器中即可登录,输入上述创建的账号密码
4. ip:8888

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三、将本身的Dockerfile镜像打包迁徙至新的服务器举行摆设

1、在原服务器上打包已有镜像

1. # 以上述的Dockfile创建的镜像为例
2. docker save -o test_image.tar test_image/rstudio:r.4.4.1
3. # 使用finalshell将其下载到本地，并上传到新服务器中

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2、在新服务器上摆设镜像

1. docker load -i test_image.tar
2. # 使用docker images查看镜像，即在新服务器中存在test_image/rstudio:r.4.4.1镜像

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后续创建容器和添加用户流程和上述同等

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