生敬佩务器如何安装cellranger｜生敬佩务器安装软件｜单细胞测序软件安装 ...

一.Why cellranger

Cell Ranger 是由 10x Genomics 公司开发的一款用于处置惩罚其单细胞测序（single-cell RNA-seq, scRNA-seq）数据的软件套件。它重要用于将原始测序数据（fastq 文件）转换为可以用于卑鄙分析的格式，好比基因表达矩阵等。
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二、Cell Ranger 能做什么？

1. mkfastq

将 Illumina BCL 文件转换为 FASTQ 格式（调用 bcl2fastq）
2. count

这是最核心的模块：将 FASTQ 数据 → 表达矩阵
包罗：

• 
  
  
  
  • demultiplex（识别 barcode）
    
  • 去除 PCR duplication（用 UMI）
    
  • 比对（用 STAR）
    
  • 定量分析，输出表达矩阵和 QC 报告
    
  
  

3. aggr

聚合多个样本（library）分析效果，用于整合多个数据集，统一分析
4. reanalyze

用于对 count 效果再次降维和聚类（不重新比对）
5. vdj

分析 TCR/BCR 重排（如果是免疫相关测序）

三.如何安装cellranger

盘算机设置要求：本教程使用ubuntu系统演示

CPU	至少 8 核，推荐 16 核以上
内存	至少 64 GB，推荐 128 GB
硬盘	每个样本可能需要 100 GB 空间（中间文件很多）

【步骤1】起首你需要通过finalshell登录服务器

【步骤2】通过 10xgenomics 官网 找到软件 Cell Ranger
www.10xgenomics.com/software

【步骤3】复制安装代码

然后复制安装命令粘贴到 finalshell控制台

非常情况1

请切换到wget命令

非常情况2

网络卡住没有进度条？ 请用control+c 键kill 重试

【步骤4】下载完成后依次执行

1. ## 解压软件安装包
2. tar -xzvf cellranger-9.0.1.tar.gz
4. ## 移动到指定目录
5. sudo mv cellranger-9.0.1 /opt/

复制代码

【步骤五】情况变量（请完整复制 不要修改【如果你版本号调整自行修改】）

1. echo 'export PATH=/opt/cellranger-9.0.1:$PATH' >> ~/.bashrc
2. source ~/.bashrc

复制代码

测试是否安装乐成

1. cellranger --version

复制代码

如果输出了 cellranger 9.0.1，阐明安装乐成。

软件使用模版【测试分析流程】自行调整

1. cellranger count --id=sample1 \
2.                  --transcriptome=/path/to/refdata-gex-GRCh38-2020-A \
3.                  --fastqs=/path/to/fastqs \
4.                  --sample=sample1

复制代码

竣事

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