1、TCGA数据库(xena)下载

一、R语言中使用#来注释

#后面的内容都是注释掉的内容，不会执行。

二、R语言的安装包与加载包

1、R语言包的安装方法：从官网CRAN中下载，或自己导入（好比从官网下载到桌面再从桌面读取进来），一般使用第一种方法就够了。

2、直接输入包名，安装即可。

3、除了以上图形界面安装包方法外，还可以使用代码的方式安装R语言包。好比install.packages("tidyverse")。

1. install.packages("包名")

复制代码

4、安装完包后，每次重新打开R都需要library一下这个包，表现安装好后需要把这个包搬到R语言里头，就好比上战场打仗口袋内里装了许多子弹，但是我现在需要把它装在枪的弹夹里头。

三、相识TCGA数据库

1、TCGA数据库的建立和发展
    TCGA数据库是由美国国家癌症研究所（NCI）和美国国家人类基因组研究所（NHGRI）于2005年团结启动的一项大规模癌症基因组研究项目，目的是通过全面、系统地研究癌症的基因组，展现癌症的分子机制，以此推动癌症的早期诊断和个性化治疗的发展。
2、TCGA数据库的数据内容
    TCGA数据库收录了来自33种紧张癌症的约1.1万名患者的全基因组测序数据、卵白质组数据、甲基化数据、mRNA数据、miRNA数据等多维度的癌症相关数据。其中，全基因组测序数据可以提供关于癌症患者基因的全面信息，卵白质组数据可以展现癌症细胞中的卵白质表达和活性，甲基化数据可以反映癌症细胞的表观遗传状态，mRNA数据和miRNA数据则可以展现癌症细胞的转录水平和调控机制。
3、TCGA数据库的应用
    TCGA数据库的存在，可以帮助研究人员更好地理解癌症的遗传学和分子机制，为癌症的早期诊断、治疗策略的订定和药物的研发提供紧张的数据支持。例如，研究人员可以通过分析TCGA数据库中的数据，发现癌症中常见的基因突变、拷贝数变异、结构变异等遗传变异，相识这些变异在癌症中的分布特性，这对于展现癌症的遗传学机制具有紧张价值。别的，通过分析TCGA数据库中的数据，研究人员还可以发现癌症的新靶点，为药物的研发提供方向。
4、TCGA数据库的挑战和远景
    虽然TCGA数据库为癌症研究提供了丰富的数据资源，但是，如何有效地使用这些数据，挖掘出有价值的信息，仍然是一个挑战。这需要研究人员具有深厚的生物学知识、熟练的数据分析技能以及敏锐的科研洞察力。别的，随着科学技能的发展，TCGA数据库的数据内容和数据量都将进一步增加，如何管理和分析这些大规模的数据，也将成为未来的一个紧张课题。然而，正是因为这些挑战，TCGA数据库的远景才更加广阔，它将继续为癌症研究和临床治疗提供紧张的支持，推动癌症医学的发展。

四、TCGA数据库中35 种癌种对应的中英文名称以及缩写

（图片来自知乎冬笋DX）

五、Xena是什么？

    Xena是一个在线网站，由美国加利福尼亚大学开辟，紧张用于探索TCGA（The Cancer Genome Atlas）和其他公共数据库的数据。Xena提供了一个直观的平台，使用户能够快速下载特定基因在特定癌症中的表达量数据，并进行可视化分析‌。


六、在Xena网站下载TCGA对应癌种的数据库

1、Xena网站：https://xenabrowser.net/datapages/
2、在TCGA数据库中找到你所需要的癌症缩写，好比肝癌（LIHC），打开后可下载RNAseq中的Counts数据。

3、点击下载网址即可，就是速度比力慢，需要等待。

免责声明：如果侵犯了您的权益，请联系站长，我们会及时删除侵权内容，谢谢合作！更多信息从访问主页：qidao123.com:ToB企服之家，中国第一个企服评测及商务社交产业平台。

继续阅读请点击广告