centos,789使用mamba快速安装R及语言包devtools

如何进入R语言运行环境请参考：Centos7_miniconda_devtools安装_R语言入门之R包的安装_r语言devtools包怎么安装-CSDN博客
在R里面使用安装devtools经常碰到依赖题目，排除过程过于费时，使用conda安装包等待时间长等。下面演示centos,789都是一样的。
下载安装miniconda

1. wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给下载下来的安装文件添加执行权限
3. sudo bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

复制代码

配置环境，vi ~/.bashrc 在最后添加下面内容

1. # >>> conda initialize >>>
2. # !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
3. __conda_setup="$('/root/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
4. if [ $? -eq 0 ]; then
5.     eval "$__conda_setup"
6. else
7.     if [ -f "/root/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
8.         . "/root/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
9.     else
10.         export PATH="/root/miniconda3/bin:$PATH"
11.     fi
12. fi
13. unset __conda_setup
14. # <<< conda initialize <<<

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运行source ~/.bashrc  使配置生效
可通过修改conda源来提供下载速度。 
cat .condarc

1. channels:
2.   - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
3.   - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
4.   - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
5.   - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
6.   
8. show_channel_urls: true
10. default_channels:
11.   - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
12.   - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
13.   - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
15. custom_channels:
16.   conda-forge: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
17.   msys2: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
18.   bioconda: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
19.   menpo: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
20.   pytorch: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
21.   simpleitk: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud

复制代码

更新conda

1. conda update -n base conda

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 安装并设置新的求解器

1. conda install -n base conda-libmamba-solver
2. conda config --set solver libmamba

复制代码

 安装mamba

1. conda install mamba -n base -c conda-forge

复制代码

 使用mamba取代condao安装R

1. mamba install -y -c conda-forge r

复制代码

 安装devtools之前安装系统依赖包

1. yum install gcc fontconfig-devel -y
2. yum install harfbuzz-devel fribidi-devel -y
3. yum install freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-devel -y
4. yum update -y

复制代码

 按R进入R语言界面安装devtools

1. install.packages("devtools")

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每次初次运行会让选择源，我会选20

假如安装发现源比力慢或有些包下载不下来，可以通过下令调出界面重新选择

1. chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

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安装经过一段时间出现如下报错

1. 警告信息:
2. 1: In install.packages("devtools") :
3.   安装程序包‘httpuv’时退出狀態的值不是0
4. 2: In install.packages("devtools") : 安装程序包‘xml2’时退出狀態的值不是0
5. 3: In install.packages("devtools") :
6.   安装程序包‘shiny’时退出狀態的值不是0
7. 4: In install.packages("devtools") :
8.   安装程序包‘pkgdown’时退出狀態的值不是0
9. 5: In install.packages("devtools") :
10.   安装程序包‘roxygen2’时退出狀態的值不是0
11. 6: In install.packages("devtools") :
12.   安装程序包‘rversions’时退出狀態的值不是0
13. 7: In install.packages("devtools") :
14.   安装程序包‘urlchecker’时退出狀態的值不是0
15. 8: In install.packages("devtools") :
16.   安装程序包‘miniUI’时退出狀態的值不是0
17. 9: In install.packages("devtools") :
18.   安装程序包‘devtools’时退出狀態的值不是0
19. > quit()

复制代码

使用mamba取代condao安装devtools，跟yum安装包一样不支持在2个终端同时运行。

1. mamba install -y -c conda-forge r-devtools

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上面这个一步就安成了

进入R再运行一次安装devtools验证下。

 使用devtool安装github包，如https://github.com/JiaxinYangJX/FLAMINGOrLite/

1. install.packages("devtools")
2. library(devtools)
3. install_github('JiaxinYangJX/FLAMINGOrLite',ref='HEAD')

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是不是很简单呢。 

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