MATLAB | 绘图复刻（十九）| 轻松拿捏 Nature Communications 绘图

hello这次真的是很久不见了，前段时间确实太忙，后台都忙到没时间看，对不住各人的热情，这期复刻两个 Nature Communications 绘图，重要都和弦图有关：
原图 1

复刻图 1

原图 2

复刻图 2

这次绘图使用我自己开发的弦图绘制工具和桑基图绘制工具，这些工具的fileexchange 链接：

• 【弦图】https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/116550-chord-chart
  
• 【有向弦图】https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/121043-digraph-chord-chart
  
• 【桑基图】https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/128679-sankey-plot
  

当然本次复刻结果的完整代码和数据也会放到下面这个gitee仓库，发起各人【直接去如下仓库】获取完整代码：

• https://gitee.com/slandarer/PLTreprint
  

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复刻一 : 有向弦图 + 桑基图

这幅图出自：Ji, M., Zhou, J., Li, Y. et al. Biodiversity of mudflat intertidal viromes along the Chinese coasts. Nat Commun 15, 8611 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-52996-x
可以看出复刻出的图的颜色和变量次序有点出入，原文后面又调整了数据次序，这里我们就不调整了直接画：首先直接举行数据导入和预处理：

1. % 数据预处理部分 ====================================
2. CList = [  1,201,117; 197,169,255;  78,149,241;
3.          247,191,142; 252,235, 79; 190,190,190]./255;
4. Data = readtable('Fig.4d.csv');
5. % 提取变量名和数值
6. nameList = Data.Region;
7. Data = Data(:, 2:end);
8. dataMat = Data.Variables;

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1 弦图绘制

fileexchange 下载的工具包里面有这个函数详细的用法，本账号搜弦图也能搜到很多根本使用教程这里不再详述，我们创建一个 figure 窗口，之后在左侧天生一个 axes 坐标区，然后几行代码就能绘制图像：

1. % 弦图绘图部分 ==========================================
2. figure('Units','normalized','Position',[.02,.05,.7,.85])
3. ax1 = axes('Parent', gcf, 'Position',[0, .11, .7, .8], 'NextPlot','add');
4. BCC=biChordChart(dataMat, 'Label',nameList, 'Arrow','on', 'CData',CList, ...
5.     'TickMode','Linear', 'LRadius',1.3);
6. % 刻度的设置要在draw()之前
7. % 刻度的紧密程度，数值越高刻度线数量越多
8. BCC.linearTickCompactDegree = 3.2;
9. % 是否开启次刻度线
10. BCC.linearMinorTick = 'on';
11. BCC=BCC.draw();
12. BCC.tickState('on')
13. BCC.tickLabelState('on')
14. % 设置字体、刻度线粗细
15. set(findobj('type', 'line'), 'LineWidth',1.5)
16. BCC.setFont('FontSize', 18)

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再在右侧绘制一个渐变的桑基图即可，大部门设置都写了注释：
之后再通过annotation函数绘制连接两个图的线条。
2 桑基图绘制

1. % 桑基图绘图部分 =========================================
2. ax2 = axes('Parent', gcf, 'Position', [.7, .11, .23, .8], 'NextPlot','add');
3. links(1:5, 1) = nameList(1);
4. links(1:5, 2) = nameList(2:end);
5. links(1:5, 3) = num2cell(dataMat(2:end,1));
6. disp(links)
7. % 创建桑基图对象
8. SK=SSankey(links(:,1), links(:,2), links(:,3));
9. % 设置配色
10. SK.ColorList = CList;
11. % 修改链接颜色渲染方式
12. % 'left'/'right'/'interp'(default)/'map'/'simple'
13. SK.RenderingMethod='interp';
14. % 设置方块横向宽度和竖向间隔
15. SK.Sep=.02;
16. SK.BlockScale = .1;
17. SK.draw()
19. % 修饰一下
20. for i=1:6
21.     % 设置块线条粗细，设置字体
22.     SK.setBlock(i,'EdgeColor',[0,0,0], 'LineWidth',1)
23.     SK.setLabel(i,'FontSize',18, 'FontName','default')
24. end
25. % 设置最左侧方块的文字旋转90度
26. SK.setLabel(1,'Rotation',90, 'HorizontalAlignment','center', ...
27.     'VerticalAlignment','bottom')
28. annotation(gcf, 'line', [.59 .68], [.544 0.575], 'LineWidth',1.5, 'LineStyle','--');

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复刻二 : 无向弦图

这篇来自：Kong, L., Feng, Y., Zheng, R. et al. Interspecies hydrogen transfer between cyanobacteria and symbiotic bacteria drives nitrogen loss. Nat Commun 16, 5078 (2025). https://doi.org/10.1038/s41467-025-60327-x
这次我们提前将xlsx内的数据举行了排序，还是先读取数据：

1. % 数据预处理部分 ====================================
2. Data = readtable('41467_2025_60327_MOESM6_ESM.xlsx');
3. % 提取变量名和数值
4. rowName = Data.Taxon_name;
5. Data = Data(:, 2:end);
6. colName = Data.Properties.VariableNames;
7. Data = Data.Variables;

复制代码

1 弦图绘制

1. % 绘图部分 ==========================================
2. figure('Units','normalized', 'Position',[.02,.05,.8,.85])
3. CC = chordChart(Data, 'colName',colName, 'rowName', rowName, ...
4.     'TickMode','linear' ,'Sep',1/80, 'LRadius', 1.32, 'OSqRatio',75/100);
5. % 刻度的设置要在draw()之前
6. % 刻度的紧密程度，数值越高刻度线数量越多
7. CC.linearTickCompactDegree = 1.7;
8. % 是否开启次刻度线
9. CC.linearMinorTick = 'on';
10. CC = CC.draw();
11. % 显示刻度和数值
12. CC.tickState('on')
13. CC.tickLabelState('on')

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2 标签隐藏

可以看出很多标签互相遮挡，我们实验隐藏：

1. % 设置字体、刻度线粗细并把 1 号和 5:10 号标签隐藏
2. set(findobj('type', 'line'), 'LineWidth',1.5)
3. CC.setFont('FontSize', 18)
4. set(CC.nameFHdl([1, 5:10]), 'Color', 'none')
5. set(CC.nameFHdl(7), 'Color', 'k', 'String', 'Others')

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3 配色修改

对每个方块和弦举行颜色修改：

1. % 修改配色 ==========================================
2. colCList = [204,103, 99; 232,183,183; 252,168,133;
3.             206, 96, 16;  61,114,176;   1,  7,172]./255;
4. rowCList = [ 32,180,  2;  95,167,255;  85, 77,150;
5.             253,224,169; 215,234,209; 177,229,253;
6.             255,239,206; 163,184,209; 207,225,226;
7.             219,210,234]./255;
8. % 修改上方方块颜色
9. for i = 1:length(colName)
10.     CC.setSquareT_N(i, 'FaceColor', colCList(i,:))
11. end
12. % 修改下方方块颜色和弦配色
13. for i = 1:length(rowName)
14.     CC.setSquareF_N(i, 'FaceColor', rowCList(i,:))
15.     for j = 1:length(colName)
16.         CC.setChordMN(i,j, 'FaceColor',rowCList(i,:), 'FaceAlpha',.4)
17.     end
18. end

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4 绘制图例

因为有些标签被隐藏，为了说明什么是什么，为这些块添加图例：

1. % 绘制图例 ==========================================
2. patchHdl = [];
3. for i = [10:-1:5, 1]
4.     patchHdl(end + 1) = fill([10,11,12],[10,13,13], ...
5.         rowCList(i,:), 'EdgeColor', 'none');
6. end
7. lgdHdl = legend(patchHdl, rowName([10:-1:5, 1]), 'FontSize',14, 'Box','off');
8. lgdHdl.Position = [.76,.11,.167,.27];
9. lgdHdl.ItemTokenSize = [18,8];

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以上即为完整代码，但是没有数据的话没法运行，数据和完整代码已经放在以下gitee仓库：

• https://gitee.com/slandarer/PLTreprint
  

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