NCBI blast 数据库本地安装

blast软件安装

从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/。下载2.16.0 linux版本，下载并解压，解压之后BLAST就安装好了。用户需要设置环境变量，目的是为了告诉体系在哪里可以找到安装好的BLAST软件。

1. wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz
2. wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz.md5
4. md5sum -c ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz.md5
5. tar -zxvf ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz
6. #加入到环境变量
7. export PATH=$PATH:$PWD/ncbi-blast-2.16.0+/bin

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nt/nr fasta下载

从NCBI（Index of /blast/db/FASTA）下载nt、nr fasta文件。

1. nohup wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz > nt.log 2>&1 &
2. [2] 1144458
3. nohup wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz > nr.log 2>&1 &
4. [3] 1145214
6. wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz.md5
7. wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz.md5
8. md5sum -c nt.gz.md5
9. md5sum -c nr.gz.md5
10. tar -xzvf nr.gz
11. tar -xzvf nt.gz
13. mkdir nr_db
14. mkdir nt_db
15. makeblastdb -in nr -dbtype prot -title make_nr -parse_seqids -out ./nr_db/nr -logfile make_nr.log
16. makeblastdb -in nt -dbtype nucl -title make_nt -parse_seqids -out ./nt_db/nt -logfile make_nt.log

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大概使用NCBI处理好的db。
wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt*
wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr*


作者：像鸟一样飞过你的高山
链接：https://www.jianshu.com/p/471a4fbcdd48
来源：简书
著作权归作者所有。商业转载请接洽作者得到授权，非商业转载请注明出处。
序列比对

• blastp：卵白序列与卵白库作比对，直接比对卵白序列的同源性。
  
• blastx：核酸序列与卵白库作比对，将核酸序列先翻译成卵白序列，再将其与卵白库作比对。
  -blastn：核酸序列与核酸库的比对，直接比对核酸序列的同源性。
  
• tblastn：卵白序列对核算库的比对，现将核酸库翻译成卵白库，再将卵白序列与翻译后的卵白库进行比对。
  
• tblastx：核酸与核酸数据库在卵白质水平比较
  

如果是fastq先转为fasta序列格式在进行比对，比对结果如下图1所示。将相同序列复制到NCBI网站进行比对，如下图2，两种结果最前面的比对条目基本一致。

1. awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' test.fastq > test.fasta
2. blastn -query test.fasta -out test.result -db ./nt_db/nt

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图1 本地blast比对结果

图2 NCBI blast比对结果
使用NCBI网站下载的db进行比对。

1. wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr*
3. for i in `ls nt_db_NCBI/*gz`do;tar -zxvf $i;done
4. ## 输出一条最优比对结果
5. blastn -query test1.fa -out test1.align -db ./nt_db_NCBI/nt -outfmt 6 -subject_besthit -num_threads 4

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自建索引文件

创建索引需要输入为序列的fasta文件，可以是卵白大概核酸，输出索引带前缀名称，最终生成比对索引数据库。

• in 输入文件（test.fa)
  
• dbtype 选择类型，卵白大概核酸（prot、nucl)
  
• out 输出索引文件
  

1. makeblastdb -in test.fa -dbtype nucl -out ./test

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