blast安装及简单使用

目录
一、安装blast
1.Ubuntu情况
2.conda情况
二、比对序列
1.创建数据库
2.举行序列比对 
三、总结

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BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的生物信息学工具，用于比对核酸或蛋白质序列，以寻找相似性并推断两个序列之间的进化关系。
BLAST 可以在数据库中搜刮序列，查找与查询序列最相似的序列，从而确定两个序列的相似性和进化关系。它通过比对两个序列的碱基或氨基酸组成，寻找相同的区域，并盘算匹配度和相似性得分。
一、安装blast

1.Ubuntu情况

   # 下载blast
  wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz
  # 解压blast压缩包
  tar -xzvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz 
  # 测试
  ./bin/blastp -h
  

这里就代表安装成功了，但是执行命令就有点贫苦必要用全路径的blastp运行，如果想直接用blastp还必要安装另一个插件：
   apt install ncbi-blast+
  这样安装成功之后才可以使用blastp命令
2.conda情况

如果你的情况是conda的，那安装blast就很简单了
   conda install blast 
  一行命令搞定！ 
二、比对序列

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）可以用于比对序列的数据库有许多，其中一些常用的数据库包罗：

• NCBI（National Center for Biotechnology Information）提供的数据库，如：
  
  
  
  • GenBank：包含已发布的核酸序列数据。
    
  • RefSeq：包含参考序列数据，包罗基因组、mRNA 和蛋白质序列。
    
  • nr（Non-Redundant Protein Sequence Database）：非冗余蛋白质序列数据库。
    
  
  
• UniProt：包含了各种生物学和生物化学信息的综合性蛋白质数据库。
  
• Ensembl：包含了多种物种的基因组数据和注释信息。
  
• PDB（Protein Data Bank）：包含了已知蛋白质的三维结构数据。
  
• Swiss-Prot：是 UniProt 数据库中的一个子数据库，包含手工注释的高质量蛋白质序列数据。
  

除了上述数据库之外，还有许多其他公共和专业数据库可供 BLAST 使用，具体选择数据库取决于您的研究目的和必要比对的序列类型。在使用 BLAST 举行序列比对时，选择合适的数据库可以进步比对结果的正确性和可靠性。
1.创建数据库

   # 运行这个命令创建数据库
  makeblastdb -in 数据库.fa -dbtype prot
  2.举行序列比对 

   blastp -query 自己的序列文件 -db 数据库.fa -out 输出的序列比对文件名.blast.out 
  

三、总结

BLAST 常用于以下领域：

• 生物学研究：BLAST 可以资助生物学家比对 DNA 或蛋白质序列，以研究生物进化和系统发育等问题。
  
• 基因组学研究：BLAST 可以资助研究人员在基因组数据库中搜刮和比对基因序列，以研究基因功能和基因组结构等问题。
  
• 药物研究：BLAST 可以资助药物研究人员比对蛋白质序列，以寻找靶标蛋白并设计药物分子。
  

总之，BLAST 是一个非常有用的生物信息学工具，可以资助生物学家、基因组学研究人员和药物研究人员等快速比对序列并举行分析。

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