生信技能62 - 常用机器学习算法的R语言实现

1. 加载R包和数据

1. # 安装R包， 是否update统一选择不更新n
2. BiocManager::install("caret")
3. BiocManager::install("randomForest")
4. BiocManager::install("gbm")
5. BiocManager::install("kernlab")
6. BiocManager::install("glmnet")
8. library(caret)
9. library(e1071)
10. library(rpart)
11. library(randomForest)
12. library(gbm)
13. library(kernlab)
14. library(nnet)
15. library(glmnet)
17. # 鸢尾花数据集 iris
18. data(iris)
20. # 划分数据集，设置随机种子以保证结果的可重复性
21. set.seed(1234)
23. # 80%数据为训练集，剩余20%为测试集
24. trainIndex <- createDataPartition(iris$Species, p =.8, list = FALSE, times = 1)
26. trainData <- iris[trainIndex,]
27. # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
28. # 2            4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
29. # 3

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