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从MIMIC-iv数据库中提取做过心电图检查和肌钙卵白值的患 ...
从MIMIC-iv数据库中提取做过心电图检查和肌钙卵白值的患者数据,其他数据的 ...
半亩花草
论坛元老
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2024-10-29 10:21:34
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一、下载MIMIC数据步骤
1.下载MIMIC-IV数据库时,会碰到下图所示的情况
点击
,或者进入physionet官网注册账号,网址PhysioNet
使用edu结尾的邮箱
注册后physionet会给邮箱发送激活链接,点击激活链接进入网页则激活乐成,申请到physionet账号后,举行下一步。
2.在CITI program上注册账号,完成一个测试
登录网站CITI - Collaborative Institutional Training Initiative (citiprogram.org)
点击
第2页填写相关信息,带星号的是必须要填的内容
名字
姓氏
第3页填写密码,安全问题等
第4页
China
完成后有个选项是是否必要学分和其他课程,选NO,继续填具体信息,机构邮箱可以随便填别的的邮箱
然后进入课程选择,就可以举行考试了
只用回答问题1,2,5
点击
课程有两个模块,都必要完成
生成的报告如下图所示
3.回到physionet网站,搜刮MIMIC-IV,进入
进入申请页面
填写研究内容
证实人邮箱必要是发表过SCI作品的邮箱,最后,点击提交,之后大概一周左右证实人会收到确认邮件,里边有一个确认链接,证实人点击链接确认后,申请就通过了,就可以下载数据了。
点开后,再点我同意就可以下载了
二、MIMIC-IV数据的说明
MIMIC-IV来自两个院内数据库体系:EHR和ICU。MIMIC-IV分为两个模块:hosp和icu。总共患者数目为299712,每次入院为一次记载,共431231条记载。
1.Hosp模块
Hosp模块包括来自EHR的数据,包括患者的人口统计、疾病诊断、实验室检测、药物治疗、生命体征等数据。共22个文件。
admission文件记载的是患者的入院信息,以每次入院为单位,每次入院都会有一个单独的hadm_id,而每个患者有唯一的subject_id,该文件内部各标签含义如下。
name
description
subject_id
患者id
hadm_id
住院id
admittime
入院时间
dischtime
出院时间
deathtime
死亡时间,假如患者在医院内死亡,则记载死亡时间
admission_type
入院类型,患者被接收到医院的方式,按入院紧迫性分为9种,如急诊
admit_provider_id
收治患者的医生或者护理人员id
admission_location
入院地点,患者被接受到医院的具体位置,如急诊室
discharge_location
出院去向,患者脱离医院后的具体位置,如家庭、养老院
insurance
患者的保险类型
language
语言
marital_status
婚姻状态
race
种族
edregtime
进急诊时间
edouttime
出急诊时间
hospital_expire_flag
是否在住院期间内死亡, 1 是 0 不是
d_hcpcs文件及记载了与医疗程序编码相关的信息,包括不同医疗程序的名称、描述、代码等内容。
name
description
code
医疗程序编码,用于识别不同的医疗程序
category
医疗程序的种别
long_description
医疗程序的具体描述
short_description
医疗程序的简短描述
d_icd_diagnoses文件记载了与ICD(International Classification of Diseases,国际疾病分类)诊断编码相关信息。
name
description
icd_code
ICD诊断编码,用于识别不同的疾病
icd_version
ICD版本
long_title
ICD诊断编码的具体描述或标题,提供有关该疾病诊断的更具体信息
d_icd_procedures文件记载了与ICD(International Classification of Diseases,国际疾病分类)手术编码相关信息。
name
description
icd_code
ICD手术编码,用于识别不同的手术过程
icd_version
ICD版本
long_title
ICD手术编码的具体描述或标题,提供有关该手术过程的更具体信息
d_labitems文件记载了与实验室查验项目相关的文件,包含了与实验室查验项目(Lab Item)有关的信息。
name
description
itemid
实验室查验项目标Id
label
实验室查验项目标标签或名称,用于描述该实验室查验项目
fluid
液体类型,表示该实验室查验项目所涉及的生物体液类型,如尿液等
category
实验室查验项目标种别,用于将不同的实验室查验项目举行归类
diagnoses_icd文件ICD诊断数据,记载了与患者诊断相关的国际疾病分类(ICD)编码和描述。
name
description
subject_id
患者id
hadm_id
住院id
seq_num
诊断顺序号,表示该诊断在全部诊断中的顺序
icd_code
诊断编码,指诊断的疾病或症状在国际疾病分类(ICD)中的编码
icd_version
ICD版本
drgcodes文件记载了诊断相关组代码数据,用于医疗费用盘算和统计分析,drg即Diagnosis Related Group.
name
description
subject_id
患者id
hadm_id
住院id
drg_type
诊断相关组(Diagnosis Related Group,简称DRG)的类型。DRG是根据患者入院诊断、手术情况、年龄、性别等因素举行分类的一种方法,用于决定医院住院费用的支付
drg_code
诊断相关组代码,用于标识具体的DRG种别
description
诊断相关组的描述,提供对DRG种别的文字说明
drg_severity
诊断相关组的严重水平。通常使用数字表示,较高的数字表示更严重的疾病或手术
drg_mortality
诊断相关组的死亡率指数。通常使用数字表示,较高的数字表示更高的死亡风险
emar文件记载了电子药物管理数据
name
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