slow5tools

slow5tools

COMMANDS

fast5toslow5 或 f2s:
将 FAST5 文件转换为 SLOW5/BLOW5 格式。
slow5tofast5 或 s2f:
将 SLOW5/BLOW5 文件转换为 FAST5 格式。
view:
查察 SLOW5/BLOW5 文件的内容或在差别的 SLOW5/BLOW5 格式和压缩之间举行转换。
index:
为 SLOW5/BLOW5 文件创建索引。
merge:
将多个 SLOW5/BLOW5 文件归并为一个文件。
cat:
快速毗连类似读取组的 SLOW5/BLOW5 文件。
split:
将单个 SLOW5/BLOW5 文件分割成多个单独的文件。
get:
从 SLOW5/BLOW5 文件中检索指定读取 ID 的记载。
stats:
打印形貌 SLOW5/BLOW5 文件的择要统计信息。
skim:
快速欣赏 SLOW5/BLOW5 文件并打印信号元数据。
quickcheck:
快速查抄 SLOW5/BLOW5 文件是否完备。
degrade:
不可逆地低落并转换 SLOW5/BLOW5 文件。
Slow5tools 是一个用于转换 (FAST5 <-> SLOW5)、压缩、查察、索引和操纵 SLOW5 格式数据的工具包。
fast5toslow5 (或 f2s)

1. slow5tools fast5toslow5 [OPTIONS] fast5_dir1 -d output_dir
2. slow5tools fast5toslow5 [OPTIONS] fast5_dir1 fast5_dir2 ... -d output_dir
3. slow5tools fast5toslow5 [OPTIONS] file1.fast5 file2.fast5 ... -d output_dir
4. slow5tools fast5toslow5 [OPTIONS] file.fast5 -o output.blow5
5. slow5tools fast5toslow5 [OPTIONS] file.fast5 -o output.slow5

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将 FAST5 文件转换为 SLOW5/BLOW5 格式。输入可以是单个 FAST5 文件、多个 FAST5 文件的列表、包罗多个 FAST5 文件的目次，大概是多个目次的列表。如果提供了目次，工具将递归搜刮此中的 FAST5 文件（.fast5 扩展名）并将其转换为 SLOW5/BLOW5。对于输入目次中的每个多 FAST5 文件，将在输出目次中创建具有类似文件名的 SLOW5/BLOW5 文件（用 -d 指定）。如果提供了单个 FAST5 文件作为输入，将为转换过程中使用的每个进程创建单个 SLOW5/BLOW5 文件（用 -p 指定）。
留意：不发起在单个下令中将多 FAST5 和单 FAST5 文件混淆运行 f2s。

  

• –to format_type:
  指定输出文件的格式。format_type 可以是 slow5 表现 SLOW5 ASCII，大概是 blow5 表现 SLOW5 二进制 (BLOW5) [默认值: blow5]。
    
  
• -d, --out-dir STR:
  指定输出目次的名称/位置（除非仅转换一个 FAST5 文件，否则为必须选项）。如果提供了名称，将在当前工作目次下创建目次。大概，可以提供有用的相对或绝对路径。为了防止数据覆盖，如果目次名称已存在且非空，步调将报错停止。
    
  
• -o, --output FILE:
  当仅转换一个 FAST5 文件时，-o 指定单个 FILE，输出数据将写入此中 [默认值: stdout]。与 -d 不兼容，而且可以根据文件扩展名自动检测输特殊式。
    
  
• -c, --compress compression_type:
  指定用于 BLOW5 输出的压缩方法。compression_type 可以是 none 表现未压缩的二进制；zlib 表现基于 zlib（也称为 gzip 或 DEFLATE）的压缩；大概是 zstd 表现基于 Z-standard 的压缩 [默认值: zlib]。此选项仅对 BLOW5 有用。如果 slow5tools 构建时启用了 zstd 支持，则 zstd 才有用，默认情况下是关闭的。
    
  
• -s, --sig-compress compression_type:
  指定用于 BLOW5 输出的原始信号压缩方法。compression_type 可以是 none 表现未压缩的原始信号，svb-zd 表现使用 StreamVByte zig-zag delta 压缩原始信号，大概是 ex-zd（从 slow5tools v1.3.0 开始）表现非常编码 [默认值: svb-zd]。ex-zd 比 svb-zd 提供更好的压缩比率。此选项从 slow5tools v0.3.0 开始引入。请留意，记载压缩（上述 -c 选项）仍旧应用于压缩信号之上。使用 svb-zd 信号压缩和 zstd 记载压缩类似于 ONT 的 vbz。zstd+svb-zd 比默认的 zlib+svb-zd 提供略小的文件巨细和略好的性能，但可移植性较低。
    
  
• -p, --iop INT:
  指定转换过程中使用的 I/O 进程数 [默认值: 8]。增长 I/O 进程数会使 f2s 明显变快，特殊是在具有 RAID 体系（多个磁盘）的 HPC 上，可以使用大量的进程数（比方，-p 64）。
    
  
• –lossless STR:
  在 FAST5 到 SLOW5 转换过程中保存辅助字段中的信息。STR 可以是 true 或 false [默认值: true]。这些信息通常不必要用于鄙俚分析，而且可以可选地抛弃以减小文件巨细。紧张提示：天生的文件仅用于中央分析，不消于归档。您将无法将有损文件转换回 FAST5。
    
  
• -a, --allow:
  默认情况下 f2s 不担当包罗多个唯一运行 ID 的单个多 fast5 文件或单个单 fast5 目次。当指定 -a 时 f2s 将允许单个多 fast5 文件或单 fast5 目次中存在多个唯一运行 ID。在这种情况下，全部 SLOW5/BLOW5 输出文件的头部将根据 f2s 看到的第一个运行 ID 确定。如果用户不必要原始运行 ID，则可以使用此选项通过单个下令转换来自差别样本的 FAST5 文件。
    
  
• –retain:
  在转换输出中保存与输入类似的目次结构（实行性）。
    
  
• -h, --help:
  打印资助菜单。
  
  

merge

1. slow5tools merge [OPTIONS] file1.blow5 file2.blow5 -o output.blow5
2. slow5tools merge [OPTIONS] blow5_dir1 -o output.blow5
3. slow5tools merge [OPTIONS] blow5_dir1 blow5_dir2 -o output.blow5

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将多个 SLOW5/BLOW5 文件归并为一个文件。输入可以是 SLOW5/BLOW5 文件的列表、包罗多个 SLOW5/BLOW5 文件的目次，大概是多个目次

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