网络药理学：8、分子对接软件win+mac+linux下载：Autodock、PyMol、gromacs

Autodock和Autodock tools下载

下载地点：https://autodock.scripps.edu/download-autodock4/
如果你的电脑满足以下配置，那么保举下载autodock GPU

• 操作系统：macOS Catalina 10.15.1 或更高版本。
  
• CPU：支持C++17的处理器
  
  
  
  • 如Intel Core i5/i7或相应的AMD处理器。
    
  
  
• GPU：支持OpenCL的GPU，保举使用：
  
  
  
  • Apple / Intel Iris
    
  • AMD Radeon（如Radeon Vega 64、Radeon VII）
    
  • 其他今世AMD或NVIDIA GPU（如Radeon Pro系列）
    
  
  
• CUDA（可选）：CUDA Toolkit 11或更高版本（适用于NVIDIA GPU）。
  
• 编译器：
  
  
  
  • GCC 9或更高版本（支持C++17），可以通过Homebrew安装。
    
  • Clang（macOS自带）也可以，但必要确认是否支持OpenMP。
    
  • OpenCL：通常在macOS上自带。
    
  
  

下载完后我们得到autodock4和autogrid4两个步伐文件。然后下载autodock tools
下载地点：https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/
保举直接下载dmg文件，但是有大概无法通过验证从而无法安装，其次要注意的是：MGLTools 无法在 Catalina OS 下运行
（吗的，我就不能下载，公司电脑有安全性要求，不能下载）
PyMol下载

下载地点：https://www.pymol.org/
gromacs

安装

macOs

1. brew install gromacs

复制代码

下载成功后输入

1. gromacs --version

复制代码

验证安装是否成功
windows

见这篇文章：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/678585456
安装后输入：

1. gmx

复制代码

验证安装是否成功
ubuntu(linux)

见：https://blog.csdn.net/m0_54634272/article/details/142392644
我由于是子系统，以是用的是deb(network)。

如果不知道自己系统选什么，可以在ubuntu实例输入：uname -m。
如果末了一步指令出现报错，运行如下命令：

1. sudo apt update
2. sudo apt upgrade

复制代码

再实验末了一步指令即可
配置

cuda相干安装见笔者捏造机专栏文章。
保举配置文章：https://github.com/huichenggong/Learning-Computation-with-Chenggong/tree/main/1-MD_tutorial/1-1-GMX_installation
该作者在youtube上有配套视频（只有左耳道有声，而且一股淡淡的人机感hhh
对于该配置文章的增补说明：

• 可以使用sudo apt install gcc-7来安装旧版本的gcc
  
• 可以使用lscpu在Flags中检察cpu支持什么指令集加快，譬如avx2
  
• cmake when you have GPU with proper driver/cuda报错The CUDA compiler identification is unknown时可以尝试如下：
  
  
  
  • 首先输入nvcc --version看是否有输出，没有输出说明cuda没有安装成功或安装成功了但没有添加到系统变量。
    
  • 如果有输出，那么在cmake命令中添加参数直接指定编译器的地点
    -DCMAKE_CUDA_COMPILER=/usr/local/cuda/bin/nvcc \（一样寻常都是这个地点）
    
  
  
• make -j 4取决于你本机的cpu线程数，一样寻常是线程数的一半，不知道如何检察线程数的也可以看笔者捏造机专栏文章
  
• 文章末了少了一步，就是情况变量的配置，检察gromacs安装目录下是否存在子目录bin/GMXRC，存在的话必要在bashrc中添加source 该GRMXRC
  
• 末了输入gmx
  --version验证gromacs是否成功配置。
  

qtgrace下载

win版本：https://zhuanlan.zhihu.com/p/678585456
sobtop下载

http://sobereva.com/soft/Sobtop/
Cytoscape下载

见这篇文章：
http://t.csdnimg.cn/vIYfj
SwissPDBViewer（DeepView）下载

https://spdbv.unil.ch/disclaim.html#

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